影片讲述了对神奇故事充满无尽好奇心的少年杰克，独自一人开启了一段通往遥远岛屿的奇幻冒险之旅。退学在家的16岁少年杰克（阿沙·巴特菲尔德饰），从小他的爷爷就常跟他讲起关于一家孤儿院的故事：这里是有特异能力的孩子们的世外桃源，这里的院长可以变身飞鸟、定格时间，这里有可以手握火苗的女孩，有掌握双脚离地飘浮之术的女孩，有拥有透明之术的男孩，还有一对无需动口便心心相通的双胞胎，而住在这里是为了躲避可怕的变异怪兽的袭击。爷爷去世后，杰克整理遗物时意外发现了一封佩瑞格林小姐（伊娃·格林饰）的来信，顺藤摸瓜的他找到了威尔士海岸边一个并无孤儿身影的荒废小岛。随着杰克循着爷爷留下的属于另一个神秘时空世界的线索，逐步深入调查种种谜团，几番周折的他终于抵达了当年爷爷和其他孤儿生活过的城堡。杰克在逐一结识住在这里的孩子，并见识到他们所拥有的惊奇天赋后，也发现了爷爷故事里所说的正跟踪并尾随他而至的可怕怪兽，怪兽使得这个地方变得危机四伏。身陷险境的杰克必须运用自己与众不同的奇异专长特质抵御黑暗力量，才能拯救一众新朋友，并改写大家的命运……..